Klub je skozi celotno zgodovino doživel kar nekaj vzponov in padcev. Nastopal je pod številnimi imeni - Fizkulturno društvo Ajdovščina, FD Burja, Sindikalno športno društvo Mladost in končno, leta 1970, NK Primorje. Zanimivo, da so v okvirju tega društva sodelovali tudi kolesarji.
S predsednikom kluba Jožetom Pračkom so se napovedovali boljši časi. Trener Božidar Kotnik je takoj nanizal nekaj dobrih rezultatov in v Ajdovščini se je zopet začelo govoriti o nogometu. Sezona 75/76 je bila zelo uspešna, saj so se Ajdovci uvrstili v finale jugoslovanskega pokala (za področje Slovenije) ter osvojili tretje mesto v 1. slovenski ligi. Takrat je blestel mladi in talentirani Adrijan Fegic, ki si je z dobrimi igrami priigral prestop v Rijeko, kjer so ga takoj vzljubili. Poleg dveh zadetkov, ki jih je dosegel Realu iz Madrida, si je Primorec prislužil vpoklic v mlajše reprezentance Jugoslavije.
Zlati časi in debi v Evropi
Tako smo prišli do zlatih let nogometnega kluba Primorje. V sezoni 96/97 je klub iz Vipavske doline najprej osvojil naslov jesenskega prvaka, nato pa v razburljivi končnici naziv najboljšega prepustil Mariborčanom. Kljub temu se je zgodilo to, kar so si ‘’sinovi burje’’ vselej želeli. Primorje se je prihodnjo sezono prvič znašlo v enem izmed bobnov na žrebu evropskih tekmovanj. V kvalifikacijah za nastop v Pokalu pokalnih zmagovalcev so kot prvega nasprotnika dobili luksemburški Union. Pred dva tisoč glavo množico so na zgodovinski prvi tekmi slavili z 2-0. Strelec krstnega zadetka je bil Valter Sabadin, drugega pa je dodal Alen Šćulac. Ajdovci so bili uspešni tudi na povratni tekmi, ko so z zadetkom reprezentanta Mladena Rudonje prišli do minimalne zmage. V prvem krogu, zdaj že zgodovinskega tekmovanja, so presenetili švedsko ekipo AIK-a. V zaključku prve tekme na severu Evrope je znova udaril Turbo Rudi in tako zagotovil dobro izhodišče pred povratno tekmo. Švedi so prišli v Slovenijo z veliko željo po maščevanju. V 77. Minuti je Bosanec Novaković goste povedel v vodstvo, zato so ljubitelji nogometa spremljali podaljšek. Tik pred zadnjim sodnikovim žvižgom, ki bi pomenil izvajanje enajstmetrovk, se je na pravem mestu znašel, kakopak, Koprčan Rudonja. S skupnih 2-1 je torej Primorje premagalo skandinavskega favorita in že čakalo na tekmeca v osmini finala. Sledili sta tekmi z nizozemskim predstavnikom Rodo, kjer pa je imel takratni trener rdeče-črnih ogromne težave s poškodbami. Manjkala sta med drugim tudi prej omenjena Šćulac in Rudonja. Poraz z 2-0 na domačem terenu ni pomenil nič dobrega, a so igralci dvignjenih glav in ob velikem aplavzu zapustili teren. Na Nizozemskem so izgubili z visokih 4-0 in se tako poslovili od prvega nastopanja v Evropi. Naj omenimo, da je tisto sezono Pokal pokalnih zmagovalcev osvojil Chelsea, ko je prav na stadionu AIK-a premagal nemški Stuttgart z 1-0.
Primorje je med letoma 1996 in 1998 kar trikrat zapored igralo finale slovenskega pokala. Še najbližje prvi lovoriki v klubski zgodovini so bili na prvem finalu, ko so skupnih 2-1 klonili proti Olimpiji. Kasneje sta bila od Ajdovcev boljša še Maribor (s skupnim rezultatom 3-0) ter velenjski Rudar (s skupnim rezultatom 4:2).
Primorje se je v sezoni 02/03 po štirih letih znova uvrstilo v evropska tekmovanja. Tokrat so zaigrali v drugem najmočnejšem tekmovanju, in sicer takratni ligi UEFA. V kvalifikacijah so se najprej pomerili z armenskim Zvartnocem iz Erevana. Prva tekma je bila odigrana v Ajdovščini, kjer smo v prvih 45-ih minutah doživeli zatišje pred viharjem. Drugi polčas je minil v znamenju ajdovske burje, saj so domači na krilih izjemnega mladinskega reprezentanta Slovenije, Mitje Zatkoviča, napolnili mrežo gostov in slavili s 6-1. Omenjeni napadalec je dosegel kar štiri zadetke in tako poskrbel, da je bila povratna tekma zgolj formalnost. Primorci so povsem sproščeni nato izgubili srečanje v oddaljeni Armeniji z 2-0, a so se kljub temu uvrstili v 1. krog zahtevnega tekmovanja. Veličino pokala Uefe so rdeče-črni sponzali kaj kmalu. Žreb jim je namenil bržkone najboljšo ekipo poljske lige, in sicer Wislo Krakow. Doma je Primorje, za katere je takrat igral tudi kasnejši ajdovski trener in član reprezentance Andrej Komac, izgubilo z 2-0. V primerjavi s tekmo čez teden dni na Poljskem, je bil ta poraz kar nizek. Pred pet tisoč navijači so Ajdovci namreč v Krakowu izgubili s kar 6-1. Že v 12. Minuti je Zatkovič Primorje popeljal v vodstvo. Zadišalo je po preobratu, a je že štiri minute kasneje poljski reprezentant Maciej Žurawski izid izenačil. V drugem polčasu pa preslikava tekme Primorje-Zvartnoc, s to izjemo, da so kratko potegnili Slovenci. Pet zadetkov Poljakov je pomenilo izpad iz prestižnega tekmovanja, ki ga je kasneje osvojil Jose Mourinho, ko je s svojim Portom po podaljšku premagal Celtic s 3-2.
Točno 20 let od zadnjega nastopa v Evropi
Zadnji nastop Primorja v Evropi smo pospremili v sezoni 2004/2005, znova v kvalifikacijah za ligo UEFA. V prvem krogu le-teh je s skupnim rezultatom 3-0 padla malteška ekipa Marsaxlokk. V naslednjem krogu je Primorje čakal verjetno najatraktivnejši tekmec v zgodovini - zagrebški Dinamo. Ekipa iz hrvaškega glavnega mesta je tri mesece prej presenetljivo prepustila naslov državnega prvaka Hajduku. Ravno zato so se motivirani podali v novo sezono in na Maksimirju visoko porazili ekipo Darka Milaniča s 4-0. Strelca sta bila med drugim tudi zelo znana Niko Kranjčar in Danijel Pranjić. Pred povratno tekmo ni nihče Primorju pripisoval veliko možnosti za napredovanje, a so se Primorci vseeno potrudili in slavili z 2-0. Na tekmi, ki je bila odigrana v Športnem parku v Novi Gorici, sta v zadnji četrtini tekme zadela Matej Mlakar in Simon Gregorič s pravim evrogolom.
Prav nihče si ni predstavljal, da bo to zaključek zlate ere ajdovskega nogometa. Kasneje je sledil zlom kluba in tavanje v nižjih ligah. Navijači Primorja se prav radi spominjajo tekem na Švedskem, v Poljski, navijaških dvobojev z razgretimi zagrebškimi Bad Blue Boysi ipd. Prav neverjetno, da je od takih obračunov in potovanj minilo že 20 let. Zdaj, ko se je nogomet po dolgih letih čakanja vrnil v mesto burje in na mestni stadion v Ajdovščino, so se nekatere želje in spomini zbudili med ljudmi na tribunah. Celotna primorska regija je seveda lačna dobrega nogometa in le upamo lahko, da se bo Primorje še kdaj vrnilo na evropski oder, kjer je že nekoč igralo.
